住房保障服务中心有以下内设下属机构（均为正股级）：市直管公房租赁服务中心、市城镇片区改造事务中心、庆云山住房保障服务所、团山住房保障服务所、凌云塔住房保障服务所、高新区住房保障服务所、山巷口住房保障服务所、草尾住房保障服务所、黄茅洲住房保障服务所、南大膳住房保障服务所、胭脂湖住房保障服务所、阳罗洲住房保障服务所、赤山住房保障服务所、共双茶垸住房保障服务所。