1、办公室。协助中心领导处理机关日常工作；负责单位文电、会务、机要、档案、保密、信访、宣传、后勤、固定资产、绩效考核、安全保卫、综合治理等工作；负责人大代表、政协委员建议提案办理；负责党建、老干、计划生育、政务公开、干部人事、机构编制、纪检监察等工作。

2、财务股。负责中心财务工作，会同有关单位拟订移民资金管理办法；按有关规定管理移民资金和资产，做好移民资金年度预算和内部审计；会同有关部门做好移民后期扶持政策实施稽察工作；负责做好统计工作；负责“互联网+监督”相关工作；负责移民后期扶持绩效评价工作。

3、工程股。负责库区和移民安置区基础设施建设及经济发展中长期规划和年度计划有关工作；按规定管理由移民资金投资的移民开发工程项目，协助督查验收；负责协调新建、在建水库移民安置有关工作和移民重点项目前期工作；负责库区和移民安置区产业开发、科技推广等相关工作；负责指导全市移民培训工作；负责移民项目数据库建设及相关统计和工程项目资料的收集、整理、归档工作；负责立项争资和扶贫有关工作。负责库区和移民安置区后期扶持长期规划和年度计划有关工作；负责移民的信访工作，协调及做好库区和移民安置区的社会稳定工作；承担移民对口帮扶及计划生育有关工作；负责落实市政府为民办实事工作。