市交通运输局设下列内设机构(均为正股级)
（一）办公室。协助局领导综合协调政务、业务工作；承担综合性政策调研工作，起草、审核综合性文字材料；负责机关文电、会务、机要、档案、保密、督查、政务公开、信息宣传等工作；归口管理机关行政、后勤、接待工作；组织协调史志编修政务值守工作；综合协调人大代表建议和政协委员提案的办理；负责固定资产管理和政府采购工作；负责局机关和局属单位纪律检查、监察工作。
（二）人事股。负责局机关并指导监督所属单位干部人事管理、人事档案、机构编制管理、工资、职工养老和医疗保险等工作；负责交通运输业务培训工作；协助有关部门组织开展交通运输专业技术职称评审及技术工种职业技能鉴定、等级考核、教育培训等工作；指导交通运输行业职业技术教育、继续教育工作负责局机关及所属单位出国(境)人员的政审和证件管理工作；负责单位绩效评估管理工作；承担局机关并指导局所属单位意识形态工作和干部教育培训工作；负责行业内侨务、外事和统战工作；负责行业内共青团工作；负责妇女、儿童工作;负责系统内离退休人员管理服务工作；承担局党组日常工作，负责机关党建工作；负责指导局属单位党建工作；负责局机关精准扶贫工作。
（三）财务审计股。制定有关财务管理制度并监督执行，指导监督所属单位财务工作；负责管理交通运输系统非税收入征收工作,负责局机关财务、专项资金管理工作，负责预算资金的申请、拨付和监督执行；负责所属单位内部审计、所属单位领导干部任期经济责任审计、交通基础建设和养护资金的监督检查，负责国、省投资的市管交通基础建设的竣工决算审计。
（四）法制审批股。组织实施交通运输法律、法规、规章、政策；承担局机关重大行政决策和规范性文件的合法性审核工作；承办局行政复议和行政应诉工作；承担交通运输行政执法监督工作，负责交通运输行政执法资格管理工作；牵头实施行政权力清单制度；负责拟定交通运输行政审批事项管理规定、制度并组织实施；负责行政许可事项的统一受理，会同有关股室办理交通运输行政审批和政务服务事项；负责行政审批事项的缴费、制证(文)盖章、发证(文)等工作；承担交通运输行政审批和管理服务事项的综合协调，组织协调行政许可事项的调研论证；负责行政许可事项办理资料归档和信息统计工作；承担与行政许可相关的其他工作；管理交通运输政务窗口工作；负责行业互联网+工作。
（五）安全监督股(应急办公室)。贯彻执行交通运输行业安全生产、应急管理政策和技术规范标准；组织拟定全市交通运输行业安全生产监督管理、应急管理政策规则、制度并监督实施负责交通运输行业安全生产和应急体系管理；指导协调全市交通运输行业安全生产监督管理工作和应急管理工作；组织拟定全市交通运输行业应急预案并监督实施；参与交通运输事故调查处理；负责交通运输系统内消防工作；承担局安全生产领导小组的具体工作。
（六）计划统计股。组织编制和监督实施交通运输发展规划有关专项规划和年度计划；参与拟订物流等与交通运输相关的其他行业发展规划；拟订全市交通基础设施建设投资规模、方向和资金安排计划建议；负责权限内交通基础设施建设项目的预可工可、初步设计、一阶段施工图设计审查或审查报批工作；负责全市交通运输行业统计工作；负责管理和指导全市交通运输行业的科技推广、信息化、标准化和科技教育工作；组织拟订交通运输行业科技、教育、信息化发展规划和计划，组织协调交通重大科技项目研究和成果推广。
（七）基本建设股。负责贯彻执行公路水运建设行业政策技术标准；负责监管和指导全市公路、水运工程及城乡客货运输基础设施建设市场；对公路、水运建设工程招投标实施监督与管理；负责市管公路、水运建设工程施工图设计审查、施工许可审核和组织竣工验收等工作；监督管理市管公路、水运建设工程质量和造价控制、施工安全等有关工作。
（八）道路运输管理股。负责全市道路客货运输、运输服务市场的行业管理；牵头拟订城乡客运发展规划并监督实施，参与拟订全市运输枢纽、站场等的布局、规划；负责城乡道路运输市场管理及运输线路、营运车辆和运输枢纽、场站等监督管理工作；负责公共汽车、出租汽车运输市场监督管理工作；负责车辆维修行业、营运车辆综合性能检测行业、机动车驾驶员培训市场监督管理工作；按规定承担物流市场有关管理工作；指导全市道路运输安全生产、应急管理、节能减排和污染防治工作，归口管理交通运输行业节能减排和污染防治工作；组织协调道路重点物资运输和紧急客货运输；负责油补工作；承担全市春运综合协调职责。
(九)水路运输管理股。承担全市水路运输市场监管工作拟订水路运政、航政、港政相关规定、制度并监督实施;参与拟订水路运输管理地方性政策和标准、水路运输发展规划并监督实施，拟订航道、港口、码头等运输设施养护管理办法并监督实施;负责港口航道设施建设使用岸线布局的行业管理，负责营运船舶、渔业船舶和船员的监督管理工作;负责航道和港口行政管理工作指导全市水路运输安全生产、应急管理及节能减排和污染防治工作;负责交通血防工作。
（十）公路管理股。负责贯彻执行国家、省市有关公路管理建设的相关政策规定和技术标准，组织编制并指导实施公路基础设施建设管理和养护规划；承担全市公路调查、统计和路况技术标准评定工作；监督管理公路养护工程基本建设程序、招投标和工程质量安全工作，按规定负责公路养护工程施工许可审核和组织竣工验收工作；负责辖区内公路路政管理工作，指导全市公路应急保畅相关工作；指导全市公路管理、养护的节能减排和污染防治工作；承担全市车辆超载超限治理综合协调职责。负责贯彻执行农村公路建设养护管理政策和技术规范，组织开展有关技术研究和经验交流；参与审核农村公路建设计划，指导监督农村公路建设及窄路加宽、危桥改造、安保工程等项目建设质量、安全及竣工验收，组织农村公路建设检查；负责全市农村公路建设情况信息综合和数据库管理。
（十一）信访办公室。负责交通运输系统的政法、综合治理、信访维稳工作；负责指导交通改制企业遗留问题处置工作；负责协办交通运输行业改制企业人员社会保险工作；负责维护改制企业稳定工作；负责机关的安全保卫工作。
沅江市国防动员委员会交通战备办公室。负责编制国防交通网络布局，拟订国防交通保障计划，参与国防交通工程建设相关工作；负责全市国防交通和交通领域军民融合相关工作；负责国防交通物资储备和更新工作；负责全市交通运输专业保障队伍建设和管理；负责全市运力动员和征用。